শ্রেণিকরণের ক্ষেত্রে কিছু বিষয় রয়েছে যাদের শ্রেণিকরণ প্রক্রিয়ার আওতায় আনা যায় না। অর্থাৎ সেসব ক্ষেত্রে শ্রেণিকরণের সীমাবদ্ধতা রয়েছে। নিচে শ্রেণিকরণের সীমাবদ্ধতা উল্লেখ করা হলো-

⇨ উচ্চতম বা পরমতম জাতিকে শ্রেণিকরণ করা যায় না। কারণ উচ্চতম জাতির ঊর্ধ্বে কোনো জাতি নেই বলে তাকে কোনো জাতির অন্তর্ভুক্ত করা যায় না।

⇨ প্রান্তিক বিষয়কে শ্রেণিবিন্যস্ত করা যায় না। যেসব বিষয়ের মাঝে দুই বিপরীতমুখী শ্রেণির বৈশিষ্ট্যের মধ্য, থেকে এক শ্রেণির কিছু বৈশিষ্ট্য এবং অন্য শ্রেণির কিছু বৈশিষ্ট্য উপস্থিত থাকে, তাদের প্রান্তিক বিষয় বলে।

⇨ সংজ্ঞার সীমাবদ্ধতার ক্ষেত্রসমূহের শ্রেণিকরণ সম্ভব নয়। সংজ্ঞা হলো কোনো বস্তু বা বিষয়ের অপরিহার্য বৈশিষ্ট্যের বিবৃতি। তাই যেসব বস্তু বা বিষয়ের অপরিহার্য বা আবশ্যিক বৈশিষ্ট্য নির্ধারণ করা যায় না, তাদের শ্রেণিকরণ করাও সম্ভম্ব নয়।

⇨ সীমিত জ্ঞানের ভিত্তিতে বস্তুর শ্রেণিকরণ করা যায় না। যাদের শ্রেণিকরণ করা হয় তাদের মৌলিক ও গুরুত্বপূর্ণ বৈশিষ্ট্যগুলো সম্পর্কে পর্যাপ্ত জ্ঞান না থাকলে শ্রেণিকরণ ত্রুটিমুক্ত হয় না।

⇨ পরিবর্তনশীল বস্তুর শ্রেণিকরণ সম্ভব নয়। আমরা বস্তুসমূহকে তাদের স্থায়ী ও মৌলিক গুণের ভিত্তিতে শ্রেণিকরণ করি। যেসব বস্তুর গুণ সবসময় পরিবর্তিত হতে থাকে তাদের শ্রেণিবিন্যস্ত করা যায় না।

⇨ একান্তই ব্যক্তিগত বিষয়ের শ্রেণিকরণ সম্ভব নয়। ব্যক্তিগত বিষয়গুলো প্রত্যেকটি ভিন্নধর্মী গুণের অধিকারী হওয়ায়  এদের প্রত্যেকটি স্বতন্ত্র হয়ে থাকে। তাই এদের শ্রেণিতে অন্তর্ভুক্ত করার মতো কোনো সাধারণ গুণ থাকে না।

⇨ অতুলনীয় বিষয়ের শ্রেণিকরণ সম্ভব নয়।